Während des Migräneanfalls können verschiedene Stadien mit typischen Symptomen durchlaufen werden. Oft kündigt sich der Anfall durch Vorboten an; dann ist von der Prodromalphase die Rede. Patienten berichten häufig über Unwohlsein sowie allgemeine Mattigkeit in dieser Phase.
Nach der Prodromalphase folgt die Auraphase, in der es zu visuellen Störungen wie Zickzack-Mustern, verschwommenem Sehen oder sogar zu einem – meist einseitigen – Verlust der visuellen Wahrnehmung kommen kann. Geschildert werden zuweilen ein Verlust des Berührungsempfindens oder Kribbelempfindungen in Armen, Beinen oder Gesicht. In manchen Fällen geht die Auraphase sogar mit einem Verlust des Geruchssinns, Sprachstörungen, Gleichgewichtsstörungen oder anderen neurologischen Ausfällen einher.
70 % der Patienten berichten über halbseitige Kopfschmerzen vor allem im Bereich der Augen, der Stirn und der Schläfen in der auf die Auraphase folgenden Kopfschmerzphase. Der Schmerz ist meist pulsierend, nimmt bei körperlicher Anstrengung zu und verringert sich bei Ruhe und Dunkelheit. In dieser Phase kommen zu den Kopfschmerzen des Öfteren Appetitlosigkeit, Übelkeit, Erbrechen sowie Licht- und Geräuschempfindlichkeit hinzu. Die Dauer der Kopfschmerzphase kann zwischen 60 Minuten und 3 Tagen liegen.
Während der anschließenden Rückbildungsphase, die bis zu 24 Stunden dauert, nehmen sowohl der Kopfschmerz als auch die Begleitsymptome bis zur vollständigen Rückbildung der Migräne ab. Der Patient ist in dieser Phase meist müde und angespannt.